医学人工智能爱好者
影像组学技术(Radiomics)的提出已经有好几年了,这项技术实现了一种较为可行的计算机影像诊断的解决方案,的确让人有点小激动。目前影像组学主要还是用于发文章。发完文章后的很多模型就被丢到了一边,没有真正的放到更为广泛的临床工作中去检验其效果,的确是非常可惜。

我周边的很多朋友对影像组学都很感兴趣,但是无从下手。的确,影像组学对于很多医生而言,无论是技术本身还是流程都太复杂,而目前也没有一个简单的影像组学的软件,可以让诊断医生快速、简单建立自己的影像组学模型,用于临床实践。

于是,我决定自己写一个多模态影像组学软件。这个软件可以完成病灶勾画,自动特征提取(一个病灶最多可提取2000+特征),自动建模,模型分享,模型预测等功能。这样,只要一个普通诊断医生,会画ROI,就能通过该软件建立自己影像组学诊断模型。建立好的模型还可以与其他人进行分享,拿到模型人可以重新载入模型,检验其模型的效果。

如果你在发表文章中引用该软件,使用以下格式:
J.Ning(2022).SeeIt:(Version 0.80)[Free Radiomics Software].Available from https://www.medaifan.net

SeeIt
临床影像组学软件
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    SeeIt - V0.80 简介:影像组学软件 v0.80
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    发布者:宁净
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图像区操作

1. 放大图像:图像右侧(1/5区域),按下鼠标左键,上下移动。 
2. 移动图像:图像右下角,按下鼠标左键,上下左右移动。 
3. 调整图像窗宽和窗位:图像左侧(4/5区域),按下鼠标左键,上下左右移动。 
4. 切换图像:载入的多幅图像,滚动鼠标滚轮进行切换。 
5. 切换图像和病灶:通过键盘上的上、下、左、右按键。 

ROI鼠标勾画及阈值控制

1. 添加ROI区域:按住Control键,按下鼠标左键,移动鼠标,添加ROI区域 
2. 删除ROI区域:按住Shift键,按下鼠标左键,移动鼠标,删除ROI区域 3. 清除ROI:按下鼠标右键,选择菜单。
4. ROI阈值限制:选择数值或是百分比,后面输入框中,输入下阈值和上阈值。在画出ROI后,软件只会将位于上下阈值内的体素纳入ROI区域。

ROI 区域生长勾画

1. 敲击键盘‘R’键,进入区域生长模式。(再次敲击’R'键或是ESC键,退出区域生长模式) 
2. 在区域生长模式下,移动鼠标,鼠标箭头之处为区域生长种子点,程序实时显示该种子点的区域生长区域范围。 
3. 在区域生长模式下,滚动鼠标滚轮,调整区域生长阈值。(按下鼠标滚轮,返回初始阈值(20),如果需要精细调整阈值范围,按下键盘上“-”和“=”按钮) 
4. 在区域生长模式下,点击鼠标或是敲击回车键,最终确定生长区域。

描述
图像区域操作及病灶勾画
● 下载ZIP软件包,解压缩 ,无需安装
● 运行modeling.exe (创建自己的影像组学模型) 
● 运行predict.exe (用创建好的模型进行疾病判断) 
安装
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注意事项
影像组学,主要考虑的ROI内的体素的信号特征,如:ROI形态,信号大小,纹理特征等,并不考虑ROI的解剖位置,与邻近脏器的关系,当然和没有考虑其他临床信息。所以,其诊断的价值到底有多大,在哪些方面有价值,是值得我们探究的。  

影像组学技术本身由于是对ROI的信号进行计算,所以,信号稳定性必然会对结果产生干扰。虽然,我们有各种对信号的各种预处理技术,比如:标准化等等,但是也挡不住剧烈的信号变化。

影像组学也经常和基因组学联系在一起,研究肿瘤。背后的机理就是,肿瘤的异质性,会反应到图像异质性,这些异质性也许可以通过影像组学的纹理分析检测出来。  

SeeIt是一个支持多模态的影像组学软件,有了这个软件后,大家就可以很方便进行这方面的探索了。

软件及软件建立的项目文件,不要使用英文的目录名,不然提取特征时会报错,找不到文件。
 

更新记录
2021.5.3 v0.12 
- 原始版本 

2021.7.31 v0.20 
- 增加区域生长勾画病灶 
- 单个图片支持多ROI区域 
- 调整项目.prj文件格式,支持单层多ROI勾画,提高效率(0.20版项目文件与0.12版项目文件不兼容) 
- 修改部分bug,提高程序效率 

2021.8.8 v0.30  
- 增加冠状位和矢状位图像特征提取 
- 增加对于压缩DICOM支持 - 增加对头信息不全的DICOM图像支持 
- 增加从网站获取软件更新信息 
- 修改部分软件Bug 
 2021.8.14 v0.40  
- 优化NRRD图像生成及特征提取,提速10倍上下(根据图像数目及ROI大小) 
- 调整图像切换快捷为上下键,病灶切换为左右键 
- 修正功能键锁定键开启时,shift按键绘制删除ROI的Bug 
- 优化局部放大图像代码,大幅提升在放大图像中勾画操作的速度,消除迟滞。 
- 优化勾画代码,即使在放大状态下,也可以高清勾画。 
- 修改网络获取软件更新的代码,防止访问被腾讯服务器屏蔽 
- 修改部分软件Bug

2021.8.22 v0.41
- 修改了非 512X512 矩阵图像显示错位的Bug

2021.8.28 v0.50 
- 针对PET DICOM进行优化,可以统计和显示PET SUV值 
- 增加ROI的3D显示功能,可以查看ROI勾画的三维效果 
- 对热图的绘制进行修改,只显示模型最终筛选出的特征热图 
- 优化直方图显示,改折线图为直方图                     

2021.9.4 v0.51
- 修改由于文件名错序导致导入图像错层问题
- 修改一些Bug

2021.9.11 v0.60
- 支持导入临床数据,第三方特征数据或是病人其他数据,联合进行建模。
- 调整建模算法,提高对于大数据建模的效率
- 修改部分软件Bug

2021.9.19 v0.70
- 增加导入第三方软件勾画ROI文件,如:nii,nrrd等
- 增加软件设置功能,使用者可以根据自己需求,调整软件部分参数

2021.10.10 v0.80
- 增加更多的特征提取参数控制
- 增加ROI勾画中阈值控制,可以指定最低,最大阈值或百分比
- 增加支持 nii或是nrrd 图像导入分析
- 修改部分软件Bug,增加稳定性
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